Türk Japon Vakfı, 1992 yılında Japonya’yı ziyaret eden dönemin Başbakanı Sayın Süleyman DEMİREL’in talimatı doğrultusunda, eski Gümrük ve Tekel Bakanı Prof. Dr. Cafer Tayyar SADIKLAR’ın önderliğinde 1993 yılı Mart ayında Türk kanunları uyarınca kamuya yararlı tüzel bir kişilik olarak kurulmuştur. Vakfın kuruluşunun ardından, Kültür Merkezi’nin üzerinde kurulacağı arazinin yanısıra inşaat için gerekli finansmanın yarısını aşan kısmı Türk tarafınca temin edilmiştir. Eski Japonya Büyükelçisi Bayan Atsuko TOYAMA (Eski Eğitim, Kültür, Spor, Bilim ve Teknoloji Bakanı)’nın Keidanren (Japon Ekonomik Organizasyonlar Federasyonu) ve benzeri gibi Japon kurumlarına finansman temini için yaptığı talepler meyve vermiş ve inşası tamamlanan Türk Japon Vakfı Kültür Merkezi’nin açılışı 3 Mayıs 1998 tarihinde gerçekleştirilmiştir. Açılışa kadar olan süre içerisindeki önemli gelişmelerden bazıları aşağıda verilmiştir:
- 14 Eylül 1993 Japonya Altes Prensi Ekselansları Takahito MIKASA tarafından inşaat alanına Sakura anı-fidesi törenle dikildi.
- 5 Mayıs 1996 Kültür Merkezi temel atma töreni dönemin Cumhurbaşkanı Sayın Süleyman DEMİREL’in katılımıyla gerçekleştirildi.
- 3 Mayıs 1998 Açılış töreni. Dönemin Cumhurbaşkanı Sayın Süleyman DEMİREL ve eşi ile Japonya Altes Prens ve Prensesi Tomohito MIKASA’ların katılımlarıyla gerçekleştirildi.
Türk Japon Vakfı Kültür Merkezi içerisinde; Türk Japon Kadınları Dostluk ve Kültür Derneği, Türk Japon Kültürünü Araştırma ve Dayanışma Derneği, JICA ve Türk Japon Üniversiteliler Derneği’ne, birer ofis tahsis edilmiş ve Ankara’da mevcut Türk Japon dostluk derneklerinin bir çatı altında toplanması suretiyle kurumsal birlik sağlanmıştır.