Hükümetin yasama ve yürütme yetkilerinden tamamen bağımsız olan hukuk sisteminde, Yargıtay, 8 yüksek mahkeme, Hokkaido dışında tüm eyaletlerde, 4 mahkeme ve l jürisiz mahkemeden oluşan birer bölge mahkemesi kurulmuştur. Bunlara ek olarak pekçok aile mahkemeleri mevcuttur.
Yargıtay bir başhakim ve 14 hakimden kuruludur. Kabinenin belirlediği başhakimi İmparator atar. Diğer 14 hakimin ataması kabine tarafından gerçekleştirilir. Yargıtay hakimlerinin atamaları; atanmalarını izleyen ilk Temsilciler Meclisi genel seçimleriyle birlikte yapılan ulusal referandumla yenilenir. On yıllık dönemden sonra hakimlerin yeniden atanmaları aynı şekilde tekrarlanır. Yargıtay, kanun, düzen, nizam ve resmi işlerin anayasaya uygunluğunun karara bağlandığı en yüksek mahkemedir.